全台各鄉鎮Ｃ型肝炎盛行率不一，消除C肝有賴地方政府落實篩檢與追蹤。台南市透過大規模篩檢，歸納出需巡迴醫療與設置C肝特別門診的地區；彰化縣政府強化洗腎室、糖尿病與腎臟病患者、愛滋與藥癮者、服刑個案等族群的篩檢與治療。
台南市衛生局長陳怡表示，台南市自九十二年展開「行動醫院─全民健檢」計畫，年滿四十歲民眾持健保卡即可享有肝炎篩檢在內的多項健康檢查，據此資料庫推估台南市各鄉鎮C肝盛行率，發現感染較嚴重地區依序是將軍、柳營、下營、六甲，感染率在百分之八至十四。
台南市政府除寄發通知單提醒C肝篩檢陽性民眾就醫、衛生所主動追蹤、建立轉診窗口等，也與醫院合作，至將軍區巷埔里、大內區內郭里巡迴醫療，針對六甲區、下營區、官田區、歸仁區設置C肝特別門診。
彰化縣境內卅歲以上民眾C肝盛行率為百分之四點一，比全國的百分之三點三來得高，各鄉鎮地區盛行率不一，彰化縣政府認為應針對高風險族群訂定不同的防治策略。
彰化縣政府衛生局副局長尚筱菁舉例，彰化縣今年六月推動洗腎室病人治療C肝，境內醫院洗腎室的完成治療率超過九成、診所洗腎室完成治療率超過八成，不少院所獲頒「無C肝洗腎室」標章；彰化縣推估境內糖尿病與腎臟病病人需要接受C肝治療的人數超過兩千七百人，因此在醫院建立篩檢與轉診流程，預計明年六月完成這群人的治療。
監獄個案感染率不低，彰化市政府委託醫院到彰化監獄、看守所與少輔院，為兩千六百多人篩檢，抗體陽性率為四成、病毒陽性率八成二，後續進行治療，治療率近六成。
不過，即使如此積極介入，仍有許多患者並未接受治療。以台南市為例，篩檢病例數有一萬五千多人，治療數只有六千兩百多人，占率四成；C肝特別門診效果好許多，兩百五十多位收案者當中，僅十四人（五％）中斷治療。陳怡說，究其原因，主要是他們不相信治療有效，或是年紀太長真的難以出來就醫，因此有待強化民眾識能與就醫可近性。
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