演習３ 今井研 第二回 第三回 Compressed Suffix Trees Compressed Suffix Arrays 04/04/28 04/05/12 岡野原 大輔 調べる題材 CST (Compressed Suffix Trees) CSA (Compressed Suffix Arrays) CSA [Grossi, Vitter 00] [Sadakane 03] [Grossi, Guputa, Vitter 03] FM-index [Ferragina, Manzini 00] 括弧木の表現及び操作 rank及びselectに関わる話 全体を並行に調べていく Suffix Trees、Suffix Arraysについて Suffix T[1…n]の時、Tの各部分列Ti = T[i…n]をTのSuffixと呼ぶ。 Suffix Trees Tの全ての
更新履歴 2004/01/07 O(N) 構築アルゴリズム三種追加（Ko &Alulu, Kim & al., Karkkainen & Sanders) Suffix Arrayは、最近注目を集めているデータ構造です。その理由として、 (1)大規模なデータに対して、高速に検索、情報抽出を行うことができる (2)BWTとしてデータ圧縮に用いることができる。 ことが挙げられます。(1)に関しては自然言語処理において、膨大な量のコーパスから情報（例えば、単語の出現回数など）を調べるときににSuffix Arrayを用いると非常に高速に求めることができます。 膨大な量のコーパスに基づいた自然言語処理が盛んになってきている今、Suffix Arrayが注目を集めています。 また、ゲノム情報を調べるバイオインフォマティクスにおいても、ここの配列と似ている部分（例えばCCAG）を調べるといった場合
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