MapSplice: Accurate mapping of RNA-seq reads for splice junction discovery Kai Wang; Darshan Singh; Zheng Zeng; Stephen J. Coleman; Yan Huang; Gleb L. Savich; Xiaping He; Piotr Mieczkowski; Sara A. Grimm; Charles M. Perou; James N. MacLeod; Derek Y. Chiang; Jan F. Prins; Jinze Liu Nucleic Acids Research 2010; doi: 10.1093/nar/gkq622 Recent News 2011.9.15 MapSplice is reviewed in Gregory Grant, et
Mapping and Quantifying Mammalian Transcriptomes by RNA-Seq Ali Mortazavi, Brian Williams, Kenneth McCue, Lorian Schaeffer, Barbara Wold This is the page of the underlying data and code for the analysis of the paper above, which has been published in Nature Methods in 2008. While the paper focuses on mouse tissues, we have since used the same code in C elegans and human cell lines with great succe
Langmead B, Salzberg S. Fast gapped-read alignment with Bowtie 2. Nature Methods. 2012, 9:357-359. Langmead B, Wilks C, Antonescu V, Charles R. Scaling read aligners to hundreds of threads on general-purpose processors. Bioinformatics Vol 35, Iss 3, 2019, pp 421–432. Introduction Bowtie 2 is an ultrafast and memory-efficient tool for aligning sequencing reads to long reference sequences. It is par
Burrows Wheeler Transform (BWT, Block-sorting) と Prediction by partial matching (PPM) は本質的に同じ事をやっている、というお話です。 先日 Managing Gigabytes を読んでいたところ、P.69 で "block sorting is very closely related to the PPM* method, which is a variant of PPM that allows arbitrary-length contexts." という記述があり、どうにも気になったので調べてみました。 サマリとしては、BWT と PPM の一種である PPM* はいずれも文脈から次の1文字を一意に決定するという概念で見ると本質的に同じことをやっていると言える、というところです。 BWT のあら
,. -‐'''''""¨¨¨ヽ (.＿＿_,,,... -ｧァﾌ| あ…ありのまま 今日 起こった事を話すぜ！ |i i| }! }} /／| |l､{ j} /,,ｨ//｜ 『BWT について調べていたら Suffix Array のライブラリができていた』 i|:!ヾ､_ﾉ／ u {:}//ﾍ |ﾘ u' } ,ﾉ _,!V,ﾊ | ／´fト､_{ﾙ{,ィ'ｅﾗ , ﾀ人 な… 何を言ってるのか わからねーと思うが /' ヾ|宀| {´,)⌒`/ |<ヽﾄiゝ おれも何をされたのかわからなかった… ,ﾞ ／ )ヽ iLﾚ u' | | ヾｌﾄﾊ〉 |／_／ ﾊ !ニ⊇ '／:} V:::::ヽ 頭がどうにかなりそうだった… /／ 二二二7'T'' ／u' __ /:::::::/｀ヽ /'
BWA マッピングツール
第2世代高速シーケンサー（Illumina, SOLiD, 454）とそのアプリケーションについて。 できるだけ最新に近いことと、トレンド、面白いと思った論文やアプリケーションを書いています。シーケンサーに興味のあるひとは是非覗いていってください。 コメントも大歓迎です。 一分子シーケンサー PacBioについては、姉妹ブログ「パックマンの挑戦 http://pacbiobrothers.blogspot.com/ 」 を、10X Genomicsについては「くろみうんの冒険」を覗いてみてください！ BWA，Burrows-Wheeler Alignment Tool を、ひとから勧められたので試してみた。 このアライメント（マッピング）ツールは、ギャップを許してアライメントすることができる。 また、リード配列は全部が同じ長さである必要が無い。 ということで、SNPなどのバリアントを見つ
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