MapSplice: Accurate mapping of RNA-seq reads for splice junction discovery Kai Wang; Darshan Singh; Zheng Zeng; Stephen J. Coleman; Yan Huang; Gleb L. Savich; Xiaping He; Piotr Mieczkowski; Sara A. Grimm; Charles M. Perou; James N. MacLeod; Derek Y. Chiang; Jan F. Prins; Jinze Liu Nucleic Acids Research 2010; doi: 10.1093/nar/gkq622 Recent News 2011.9.15 MapSplice is reviewed in Gregory Grant, et
Langmead B, Salzberg S. Fast gapped-read alignment with Bowtie 2. Nature Methods. 2012, 9:357-359. Langmead B, Wilks C, Antonescu V, Charles R. Scaling read aligners to hundreds of threads on general-purpose processors. Bioinformatics Vol 35, Iss 3, 2019, pp 421–432. Introduction Bowtie 2 is an ultrafast and memory-efficient tool for aligning sequencing reads to long reference sequences. It is par
BWA マッピングツール
第2世代高速シーケンサー（Illumina, SOLiD, 454）とそのアプリケーションについて。 できるだけ最新に近いことと、トレンド、面白いと思った論文やアプリケーションを書いています。シーケンサーに興味のあるひとは是非覗いていってください。 コメントも大歓迎です。 一分子シーケンサー PacBioについては、姉妹ブログ「パックマンの挑戦 http://pacbiobrothers.blogspot.com/ 」 を、10X Genomicsについては「くろみうんの冒険」を覗いてみてください！ BWA，Burrows-Wheeler Alignment Tool を、ひとから勧められたので試してみた。 このアライメント（マッピング）ツールは、ギャップを許してアライメントすることができる。 また、リード配列は全部が同じ長さである必要が無い。 ということで、SNPなどのバリアントを見つ
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