L'AIFA garantisce l'attività ispettiva di Buona Pratica Clinica (GCP) sulle sperimentazioni dei medicinali, il follow delle ispezioni, la promozione di norme e linee guida di Buona Pratica Clinica.
Vigila e controlla le officine di produzione delle Aziende Farmaceutiche per garantire la qualità della produzione dei farmaci e delle materie prime (Good Manufacturing Practice, GMP); verifica l’applicazione delle leggi nazionali ed europee riguardanti la distribuzione, l’importazione, l’esportazione e il corretto funzionamento delle procedure di allerta rapido e di gestione delle emergenze assicura l'equivalenza del sistema ispettivo italiano con quello dei paesi della Unione Europea e nell'ambito degli accordi di mutuo riconoscimento.