九州新幹線長崎（西九州）ルートを巡り、国土交通省と長崎県が試算した費用対効果などの数値が食い違っている。開通後の博多～長崎間の所要時間は県の試算が１３分短い上に、開業後に見込める効果は国の４５９４億円に対し、県は８５８６億円と約４０００億円の開きがある。九州新幹線鹿児島ルートでは、自治体の過大な需要予測に基づき駅周辺の開発が行われたケースもあり、今回も県試算に沿った過剰な公共投資を懸念する声が上がっている。 博多～長崎間は現在、特急で最速１時間４８分。線路幅の違う新幹線と在来線を使う長崎ルートには、車輪幅を変えて走行できる軌間可変電車（フリーゲージトレイン、ＦＧＴ）が導入される予定だ。昨年末に国交省が公表した試算では、最高時速を新幹線２６０キロ、在来線１３０キロと想定し、所要時間は１時間２０分。一方、長崎県が昨年５月に公表した試算では、最高時速の設定は同じだが、所要時間を１時間７分とした。
