比較ゲノミクスや進化研究から精密育種に至るまで、現代のゲノミクスにおいて染色体レベルのアセンブリは不可欠である。HiFiデータとHi-Cデータを統合することで、現在では高精度な染色体スケールのゲノムアセンブリが可能になっているが、そのバイオインフォマティクス処理は依然として複雑であり、専門的なツールや知識を必要とする。数十から数百もの「プラチナ品質（極めて高品質）」な染色体スケールゲノムを必要とする大規模なパンゲノム解析プロジェクトが進む中、高品質なゲノムアセンブリのワークフローを効率化・標準化し、かつスケーラブルでポータブル、そしてユーザーフレンドリーなパイプラインが求められている。 本論文では、PacBio HiFiデータとHi-Cデータを用いた染色体スケールのデノボゲノムアセンブリを行うための、コンテナ化されたスケーラブルなパイプラインPuzzlerを紹介する。ポータビリティとユーザ
De novoゲノムアセンブリは、現代の生物多様性や保全に関する多くの研究の基盤となるリファレンスゲノムを構築する手法である。世界中の研究室で、膨大な数の新規ゲノムがアセンブリされている。作業の重複やデータ品質のばらつきを避けるため、自動化され、かつ移植性の高いワークフローとして実装された、アセンブリのベストプラクティス（推奨手順）が求められている。本論文では、Pacific BiosciencesのHiFiリード、Hi-Cデータ、およびオプションとしてOxford Nanopore Technologies社のリードを入力とし、オルガネラを含む染色体スケールのde novoゲノムアセンブリ（プライマリまたはフェーズ済み）を生成するSnakemakeワークフローColoraを紹介する。Coloraは、高品質なde novoゲノムアセンブリを自動的に取得したい研究者がすぐに利用できる、使いや
本稿では、Hi-Cデータから染色体スケールのスキャフォールドを構築するための、使いやすいコマンドラインツールYaHSを紹介する。YaHSは1行のコマンドで実行可能であり、ユーザーからの入力は最小限（アセンブリファイルとアライメントファイルのみ）で済む。これらの入力形式は類似ツールと互換性があり、出力結果も複数のフォーマットで提供されるため、高い精度と連続性を備えた高品質なゲノムアセンブリを、迅速かつ堅牢、かつスケーラブルに構築することができる。YaHSはC言語で実装されており、MITライセンスの下で公開されている。ソースコード、ドキュメント、およびチュートリアルは、https://github.com/sanger-tol/yahs から入手できる。 インストール Github #conda mamba create -n yahs -c conda-forge -c bioconda y
tidk（telomere identification toolkitの略）は、シンプルかつ高速なアルゴリズムを用いて、long DNAリードをスキャンし、短鎖タンデム反復配列（STR）の連続領域を検出するとともに、標準的なDNA配列表記に基づいてそれらを統合する。これらはテロメア反復配列の候補となる。本アルゴリズムは、テロメア反復単位が既知であるゲノムにおいて高い精度を示すことが確認されており、新たなテロメア反復単位を探索するために、多種多様な新規アセンブルゲノムを対象とした検証も行われている。本ツールキットには、テロメア反復配列をde novo（新規）に同定する機能、既知のテロメア反復配列をゲノム全体から探索する機能、およびアセンブリ上のテロメア反復配列を可視化する機能が含まれている。tidkはRustで実装されており、Rustツールチェーンを用いてコンパイル可能なコマンドラインツー
2026/07/14 追記 タンパク質配列のアラインメントはバイオインフォマティクスにおける重要な課題だが、特にギャップの扱いの難しさから、配列同一性が低い遠縁の相同タンパク質（リモートホモログ）をアラインメントすることは依然として困難な課題となっている。本研究では、配列アラインメントにOptimal Transport (OT) 理論を適用する新しい手法を提案し、残基の一致とギャップをモデル化するための数学的に厳密な枠組みを提供する｡OTalignは、配列アラインメントを、タンパク質言語モデル（PLM）から得られた埋め込み表現上での「エントロピー正則化付き非平衡最適輸送（UOT）問題」として定式化する。従来の手法とは異なり、本手法では各配列ペアに適応する「位置特異的なギャップペナルティ」を導入している。遠縁相同タンパク質に関する難易度の高いベンチマーク（SABmark、MALIDUP、M
精密な悪夢を描く小説家・山尾悠子が、趣味全開で編んだアンソロジー 。 ボルヘス、澁澤龍彦、シュオッブ、ラヴクラフト、ブッツァーティ、マンディアルグ、モラヴィア、コルタサル、三島由紀夫あたりに反応する人にお薦め。 逆に、お行儀の良いストーリーや、感情移入しやすい話、伏線回収を期待する人には向いていない。そういう親切な物語ではなく、読者を、由来も目的も分からない構造や状況に置き去りにする作品が集められている。 ジャンルとしては「幻想文学」なんだろうが、この枠で語ろうとすると諸々こぼれ落ちる。迷宮、塔、仮面、庭、夢、鏡、死者といったモチーフが、異様に美しく・禍々しく描かれる。その構造に見とれているうちに自分を見失う―――そういう、醒めたままトリップするのが好きな人に向いている。 変な喩えだが、フロム・ソフトウェアのゲーム（エルデンでもブラボでもダクソでも）を、ストーリーそっちのけで探索するのに似
こんにちは uzullaです。もはやAIエージェントに作業をさせることがお仕事みたいな時代になりましたね。 Agentに作業をさせるのだから「Enterをおすだけのかんたんなおしごと」は減らして、できるだけロングランしてほしい。 そうなると「エージェントが好き勝手できる」かどうかは重要なポイントです。しかし、自分の作業マシンでそのまま動かすのは怖いですよね、Agentによかれと変なコマンド実行されたり、なんかツールをいれられたら環境が汚れるし（いれていいとしてもそれの精査の手間がかかるし）、ホスト名やポートはかぶるし、DockerのImageとかの名前衝突したり…。 そこで私は、Proxmox上にLXCで使い捨ての作業用VMをポコポコ作って、終わったら捨てる、というのをやっています。 なぜLXCなのか 大前提として、完全仮想化（KVM/QEMU）ではなく、準仮想化（というかコンテナ）のLX
16GB のノートPC でも、Claude Code + ローカル LLM は本気で使える — CodeRouter で Tool Call が安定するまで(2026年7月版) このノートは「手元の 16GB の Mac やノート PC で、Claude Code をローカル LLM で動かしたい」という人向けの実用ガイドです。2026 年 4〜7 月の X / Reddit(r/LocalLLaMA)の議論を調査した最新のモデル選びと、当方で 100 リクエスト単位の実測を重ねた Tool Call 安定化の数字をまとめています。開発の経緯を知りたい方は末尾の連作記事へどうぞ。 TL;DR 16GB RAM の Mac(M シリーズ)や Windows ノートでも、Qwen2.5-coder:7b や Qwen3.5 9B、低 quant の MoE モデルで Claude Code +
たとえば「量子コンピュータはまだ実用化していない」と「ポスト量子暗号への移行は今から必要」は、矛盾しているように見えます。でも前者は計算機としての実用化、後者は Harvest Now, Decrypt Later への備えです。これは、今のうちに暗号化データを盗んで保存しておき、将来の量子コンピュータで解読する攻撃シナリオです。同じ量子の話でも、時間軸と用途が違います。 半導体で考えると少しわかりやすい 自分の中でしっくりきている比喩は、半導体です。 半導体には、バンドギャップ、pn 接合、増幅、スイッチングなど、いろいろな物理があります。でもデジタル回路では、泥臭いアナログの振る舞いを飼い慣らし、主にon/off のスイッチングの性質を使っています。 量子コンピュータもこれに近いです。量子力学のすべてを使うというより、主に 重ね合わせ、もつれ、干渉 を取り出し、壊れやすいアナログな特徴
マイボディ・オン・ザ・ムーン 上 作者:矢野 アロウ早川書房Amazon「『プロジェクト・ヘイル・メアリー』『三体』に比肩する面白さの日本ＳＦが刊行されると言ったら、信じてもらえますか？」 という強烈なキャッチコピーと共に、実際の刊行の約半年前から様々なプロモーションが行われてきた矢野アロウの受賞後第一作の大長篇『マイボディ・オン・ザ・ムーン』がついに刊行！ 僕は昨年末にプルーフ（見本版みたいなやつ）をもらって読了し、年明けのＳＦが読みたい！ に先行書評を掲載。4月にはイベントで本作について語るという珍しい経験もさせてもらった。そういう経緯からして、出版社側に取り込まれた人間の評であることは割り引いてもらう必要があるのだが、これはたしかにめちゃくちゃにおもしろい日本ＳＦだ。『星を継ぐもの』を思わせる序盤で強烈に読者を惹きつけたあと、中盤、終盤でそれぞれ物語のフックが異なり、終盤は信じがたい
はじめに 受託開発やSESの現場にいると、とにかく「図」を作る場面が多いんですよね。 業務フロー図、システム構成図、ER図、シーケンス図、画面遷移図、体制図、CI/CDパイプライン……。設計書のページをめくるたびに図、図、図。しかもこれ、お客様に出す資料だったりするので、雑には作れません。 「じゃあAIに描かせればいいじゃん」と思うじゃないですか。僕もそう思ってました。 でも実際に ChatGPT や Claude に「この仕様から業務フロー図を描いて」と投げると、出てくるのは—— ✅ それっぽい ❌ でも、使えない という微妙なシロモノ。色はバラバラ、凡例はない、矢印の向きはおかしい、スコープも書いてない。結局レビューで毎回同じ指摘をして、自分で描き直す羽目になる。これ、AI駆動開発で一番「任せられそうで任せられない」領域が“図”だったんです。 そこで、「図のお作法」をまるごとスキルに閉
ときおり、普通の人が、ただ普通に生活しているだけなのに、私と雑談しなければならないという不幸な状況に追い込まれることがある。「お仕事は何を？」というのは、通常であれば無難な話題だが、私の場合は答えが「哲学の教授です」になるため、場が静まり返ってしまうこともしばしばだ。ときたま、なんとか会話を繋ごうとしてくれる人もいる。ブルーカラーの仕事をしている人が、興奮した口調で「哲学か、いいじゃないか。俺も自分なりの哲学を持っているよ。また飲みにでも行って話そう」と言ってくることもある。一方でテックブロたちは本好きらしく、「ルネ・ジラールについてどう思う？」と聞いてくることが多い [1]訳注：ジラールはピーター・ティールが好んでいる思想家であり、そのためテック業界では人気が高い。 。あるいは、「ユヴァル・ノア・ハラリってどう？」と聞いてくることもある。 実際、つい先日も、私にハラリの話題を振ってきた人
タイトルまんま。以下の定理を証明する99の方法が書いてある。 x3 - 6x2 + 11x - 6 = 2x - 2 ならば x=1 または x=4 高校の知識を引っ張り出して考える。 最初の式を変形すると、 x3 - 6x2 + 9x - 4 = 0 因数分解で (x-1)2(x-4) = 0 となり、これが成り立つのは x=1 またはx=4 のとき。 あるいは、左辺、右辺をグラフにする。 y = x3 - 6x2 + 11x - 6 y = 2x - 2 3次式と直線の交点は、（1,0)と(4,6)なので、x = 1 または x = 4 のとき成り立つ。 他は……思いつかない。 だが、数学者の手にかかれば、99も出てくる。図だけで示したり、背理法で証明したり、代入、対称性、反例、対偶、定義といった数学の世界からのアプローチや、力学や音楽、色相を用いたり、折り紙を使って証明したりする。
本特集では、手元のパソコンなどで大規模言語モデル（LLM）を動かし、ChatGPTやGeminiのような生成AIのサービスを実現するシステム「ローカルLLM」を取り上げます。パソコンの選定から、プログラミング向けAIエージェントの動かし方までを解説します。本特集は2026年2月～3月時点での情報に基づいています。記事内のパソコン等の価格やソフトウエアのバージョンなどは、2026年2月～3月時点のものです。あらかじめご了承ください。 Claude CodeをローカルLLMで動かそう 本特集で述べたように、Ollamaは2026年1月に「ollama launch」コマンドが追加されたことで、他のソフトウエアとの連携がより簡単になりました。ここでは、現時点で代表的なソフトウエア開発向けのAIエージェントである「Claude Code」を、OllamaによるローカルLLMで動かしてみましょう。W
村上春樹の翻訳で読むと、レイモンド・カーヴァーは、ひと息で読める。 カーヴァーの短篇は、修飾語をできるだけ使わず、シンプルで短い文が用いられている。さらに、彼に惚れこんだ村上春樹が、原文を活かした簡潔な文体で翻訳している。結果、するすると息を吸うように読み、しばらくして胸に響く。 特に、傑作である「ささやかだけれど、役にたつこと」「大聖堂」は、最初に読んでから15年も経つのに、いまでも響いている。 さらに、この感情に名前が付けられない。 「悲しい」とか「感動した」と陳腐に語ることができればよいのだが、まるで的が外れている。いや、悲しいことも起きるし、感動することだってある。だけど、それはこの響きじゃないんだ。 上手く言えないこの響きは、原文で読むことにより、触れられるくらい感じられるようになった。 英語で向き合うと、必然的に読むスピードが落ちる。一文一文を、どういう構造を用い、何をどの順で
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