本局置局長一人，承市長之命，綜理局務，並指揮、監督所屬職員；置副局長一人，襄理局務。 本局下設環境管理科、空氣及噪音管制科、廢棄物管理規劃科、職業安全衛生管理科、廢棄物處理科、水質及土壤防治科、清潔隊等7個業務單位，及行政科、會計室、人事室、政風室等4個幕僚單位。

113年5月22日基府人力壹字第1130224607C號令修正基隆市環境保護局組織規程第3、4、5、10條並自113年6月1日生效。