近年來社會發展急遽，民眾對於環境議題更加關心，並且積極投入各項環境議題的討論與推動；為提升優質的環境品質，妥善管理市內各項污染源，基隆市環境保護局於民國90年3月進行組織變革，業務單位由五個調整成六個業務單位；民國96年12月因 本府組織自治條例修正公布，為提升為民服務品質，加強組織人力運用；業奉核定於97年1月1日起，業務單位調整為7科（科別更名暨增加「水質及土壤防治科」）、幕僚單位1科3室。期以專業、創新、績效之工作團隊，為市民打造一個清淨的家園及資源永續利用的生活環境。